Das Problem klingt sehr interessant. Versuchen wir nun eine Lösung zu finden. Dafür aber vielleicht erst ein paar Ansätze die wir testen könnten.
ich gehe mal in geordneter Unordnung von Hardware über Treiber zum OS:
SATA 3 ist abwärtskompatibel. Eine SATA 3 Platte kann somit problemlos an einen SATA 2 Anschluss (und du hast nur solche) gesteckt werden - läuft dann aber natürlich auch nur als SATA 2. Der Unterschied für dich ist also nur das du nicht auf 6Gbit/s sondern nur auf 3Gbit/s fährst. Spüren solltest du das aber nicht. Mich interessiert aber noch in welchem Steckplatz die Platte steckt.
Denn hinter den blauen Steckern (SATA2_0 bis SATA2_4) sitzt ein H55 Chipsatz und hinter den weissen (GSATA2_5 und GSATA2_6) eine Produktion von GIGABYTE. Vermutlich hast du es bereits getestet aber vielleicht sind dir Unterschiede aufgefallen.
Wäre es eine Treiberinkompatibilität würde dir Windows beim Auswählen der Festplatte auf die installiert werden soll, die Platte einfach nicht anzeigen. (Ich meine dieses Fenster einfach ohne Einträge: Symbolbild aus dem Internet) Da du aber die Platte gesehen hast und auch installieren konntest, dürfte das aber nicht das Problem sein. Hast du an dieser Stelle neben dem Chipsatz auch den SATA RAID/AHCI Treiber aktualisier? Vom Namen her vermute ich aber du hast das auch schon versucht.
Ist im BIOS AHCI aktiviert erkennt Windows dies eigentlich bei der Installation und passt die notwendigen Parameter automatisch an. Kann sein das dort etwas nicht geklappt hat. Würde mich ehrlichgesagt aber wundern. Kannst du diesbezüglich aber nachschauen welchen Wert bei dir unter HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\services\msahci im Schlüssel "Start" eingetragen ist? Ist AHCI aktiv müsste dort 0 stehen sonst läuft Windows alles andere als Rund.
Noch eine Frage: Wenn du im BIOS AHCI aktivierst, Windows installierst (ich glaube das hast du gemacht), im BIOS auf IDE umaschaltest und Windows startest kommt dann ein Bluescreen? Wenn ja funktioniert soweit alles richtig Kommt kein Bluescreen hat Windows etwas falsch gemacht bei der Installation.